Das kommt ganz darauf an, was du mit deinen Leuten spielen willst. Hier mal meine Einschätzungen der einzelnen Bände die ich mein Eigen nenne, die "essentiellen" habe ich farbig markiert:
Schattenläufer - Mehr Vor-/Nachteile, mehr Rassen, alternative Bausysteme, Lebensstiloptionen - rentiert sich für mehr Farbe und Komplexität
Kreuzfeuer & Tödliche Schatten - (empfehle zweiteres nicht ohne ersterem) Waffen, Kampfkunst, Panzerung, komplexere Kampfoptionen
Asphaltkrieger - Rigger-Optionen, Fahrzeuge, Drohnen und alles was man damit anstellen und wie man sie entstellen kann
Bodyshop - Der "Asphaltkrieger" für Chromköppe, aber auch Bioware, Nanoware und Gentechnik
Datenpfade & Letaler Code - (unabhängig möglich) Ersteres der "Asphaltkrieger" für Decker und Technomancer, zweiteres bietet mehr für den Hintergrund und das Gefühl der Matrix 2.0 (oder 2.1?
)
Straßengrimoire & Verbotene Künste - Die magische Version der beiden vorhergehenden Bücher
Soviel zu den Regelerweiterungen. Alle haben ihren Reiz und Wert, aber es stellt sich die Frage, wie viel du tatsächlich nutzen willst bzw. für was die Spieler Verwendung haben.
Von den Setting-Büchern empfehle ich eigentlich nur eines unbedingt: das
Critterkompendium. Macht die Spielwelt einfach lebendiger, in jedem Sinne des Wortes.
Der Rest ist auch eher optional, wenn du das Setting oder die Abenteuer komplexer haben willst.
Mit Hauern und Hörnern - Behandelt Leben, Leiden und Enklaven von Orks und Trollen; also seeeehr spezifisch
Megakons 2078 - Details zu den großen und den Megas, falls man ins Detail gehen will
Schattenhelden - Robin Hood 2080 und später? Bitte hier; auch sehr spezifisch
Mit Tricks und Finesse - Wenn man auch mal komplett ohne physische und magische Gewalt agieren will; ein wenig Mantel & Degen Style
Harte Ziele - Wetwork und Gegenmaßnahmen, schlicht und ergreifend
Im Herz der Dunkelheit - Das große Böse, das die Welt verschlingen will ... mehr oder weniger Chtulhu für Shadowrun
Gestohlene Seelen - "Herz der Dunkelheit" für die Matrix
Hof der Feen & Buch der Verlorenen - Metaplanare Abenteuer wo die Metamenschheit ein Kuriosum darstellt gefällig? Bitte sehr.
Schattenhandbücher 1-3 - Schöne Sammlung von Weltdetails und Nischen-Optionen, aber eher was für Sammler; die interessanten PDFs tun's auch